1506年，哥伦布在西班牙北部一个普通的旅店里逝世。他在遗嘱中要求安葬到他发现的美洲新大陆，但那时候美洲没有合适的教堂安葬他。随后，他被安葬在西班牙瓦拉多利德，后来又迁移到西班牙塞维利亚的一座修道院的墓地里。
1542年，这些遗骨又被转移到圣多明各的殖民城（现多米尼加共和国首都圣多明各）。1877年圣多明各为了迎接哥伦布发现新大陆400周年纪念日，在全面整修圣玛丽亚·拉梅诺尔大教堂时发现一个墓穴和一个铅皮箱子，上面写着“克里斯托弗·哥伦布”的名字，箱中放有遗骨。多米尼加当局一直没有允许研究人员化验他们保存的遗骨。
另一个说法是，1795年当法国占领整个西班牙岛，哥伦布的遗骨又被转移到古巴的哈瓦那。古巴在1898年的美西战争后独立，哥伦布的遗骨又被转回到西班牙的塞维利亚主教堂。
研究人员2003年对存放在塞维利亚的遗骨提取了DNA样品，认为塞维利亚遗骨符合在同一地下葬的哥伦布的兄弟迭戈的特征，而非他本人。
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