软件开发商的系统源码是对客户开放的，项目结束后软件开发商会将源码和开发文档一并交付给客户，这样方便客户自行维护，防止公司机密泄露。云服务器完全不能受企业控制，可能远在千里之外，操控云服务器的人虽说受过专业的培训，但是很多事情也是听天由命。一旦云服务器遭到黑客攻击，企业信息泄露，数据丢失可能性都是大大存在的。
目前市面上通用的系统产品很多事针对某个行业，比如电商，零售行业。一些功能对于企业来说是无用的，而且企业所需要的功能却没有体现出来。这些通用软件，需要周期性付费或者买断，而且每增加一个用户也要增加费用，价格偏高对于一些企业来说难以承受。如果企业自己定制会削减掉不需要的功能，同本企业业务接轨，降低开发成本，帮助企业工作提高效率和产品直销率，降低了经营成本。另外定制的软件也属于公司的固定资产。
企业可能会因为企业重组合并，业务变更等原因需要对现有系统做修改，而云系统不会针对个别企业去做修改，就算可能去修改，费用也是很高的。而定制开发的系统具有很好的延展性，有助于二次开发，对现有系统就行完善，修改。通用的系统产品应对某个行业的通用需求，而不是针对个别企业去开发。比如制造业，可能它就没法满足制造企业各个部门的需求。自主定制化的系统产品不仅针对性强，而且满足了客户的体验，有助于企业品牌形象的提升。企业可能会有很多软件系统，销售软件，各种财务软件，还有监管部门的业务系统，从技术角度考虑，所有集成问题都能解决。但是从运行，成本，效率，安全等方面考虑，云系统要比定制开发系统困难的多。
