中乙联赛预赛阶段分为南北两个赛区, 分别进行主客场双循环比赛。全国总决赛阶段则采用主客场淘汰制，所有比赛不准俱乐部使用外援，加上有年龄限制(每支球队25岁以上的队员不能超过5名)。 中乙联赛决赛阶段为两个赛区的前四名组成的杯赛。八强赛和半决赛为主客场淘汰赛，决赛和季军争夺赛为一场定胜负的比赛，主场由参赛两队主场抽签产生。具体分组为上半区：A1对B4，A3对B2；下半区：A2对B3，A4对B1。 2007赛季改变赛制，由原来预赛每区前四名球队晋身八强赛(两回合合计)，改为两支预赛冠军直接进入四强赛，每区第2至4名球队加上大学生足球联赛的冠亚军则先晋身八强赛。决赛(于四强赛两支胜方的球队争夺)，亦设有季军战(由两支于四强赛落败的球队争夺)，而联赛的冠亚军(2007赛季为前三名)将获得来季升上中甲联赛的资格。到2010赛季，由于参加联赛的球队为改制后最少，仅有10队。中乙联赛首次采用四循环赛制，也就是每两支球队之间一个赛季要对阵四次，分别打两个主场和两个客场。预赛每区前三名球队晋身全国总决赛阶段，中国足协又取消了大学生联赛前两名的参赛资格。预赛冠军直接进入四强。北区亚军对阵南区季军，南区亚军对阵北区季军，争夺另外两个四强名额。四强赛获胜的两队将获得来季升上中甲联赛的资格。到2011赛季，赛制恢复为2007年之前的赛制。
