明代期间南沙鹿颈村有座“天妃庙”，清代乾隆年间经维修后定名为“元君古庙”。抗日战争中，被日军飞机炸毁。1994年，由时任全国政协副主席，香港知名人士先生倡议并捐资1000多万港元重建南沙天后宫，于1996年5月建成并对外开放，景区占地面积约278亩，总建筑面积约3680平方米，建筑设计借鉴南京中山陵和北京故宫风格。2013年11月以民间信仰(南沙妈祖信俗)纳入广东省第五批省级非物质文化遗产；
2015年10月南沙天后宫古建筑群旅游景区(含天后像)被评为全国4A级旅游景区(约278亩)
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