在实际校准工作中，应首先将尘埃粒子计数器开机预热十分钟以上，然后再进行校准。而在实际校准工作中，有的校准人员为了赶时间，未进行预热，直接进行自净时间的检测，因为仪器还未稳定，往往造成自净时间的
当要启动尘埃粒子计数器进行测量时，需要检查计数器的入口管是否被盖住或堵塞，如果A，M管被盖住或堵塞不要启动计数器，否则会对计数器的气泵造成损害。
实验室要求洁净度10000级的净化室或净化区，如果洁净度达不到要求，会对测量结果有直接影响。因为尘埃粒子发生测量装置在运转过程中要吸入空气，如果实验室的洁净度不够，实验室内空气中的尘埃粒子会对尘埃粒子发生测量装置的过滤器造成污染，过滤器被污染后不能完全把吸入空气中的尘埃粒子过滤干净，使喷出的单分散粒子气溶胶的粒子浓度不准确，从而对尘埃粒子计数器的测量结果造成很大的影响。
另外一定要注意的是对于灵敏度在0.11um的尘埃粒子计数器，如果没有特别的防护，不能用于测量大于1000级的净化室，很容易对其传感器造成损伤，所以对于这种尘埃粒子计数器在测量自净时间和采样流量的时候，最好在洁净度1000级或优于1000级的净化区域进行空气测量，以防止对计数器本身造成伤害。
每次测量完一种粒径的单分散粒子稀释液后，需要更换其他粒径的单分散粒子稀释液进行测量时都需要对尘埃粒子计数器进行自净，以免残留在尘埃粒子计数器管道中的粒子影响测量结果，造成测量结果不准确。另外要将尘埃粒子发生测量装置上盛装单分散粒子稀释液的喷雾头用满足GB／T17323―1998要求的纯净水充分清洗干净，然后再加入其它需要测量的单分散粒子稀释液。以免喷雾头中残留的原单分散粒子稀释液对新加入的粒子稀释液造成污染，从而影响测量结果。还需要注意的是在配置单分散粒子稀释液时需要将单分散粒子原液充分摇匀，向尘埃粒子发生测量装置上的喷雾头内加入需要测量的单分散粒子稀释液之前也要将其充分摇匀，因为溶液中的粒子会发生沉淀，如果不摇匀，溶液中的粒子不均匀，会直接影响测量结果。
尘埃粒子计数器是国家规定的计量器具, 需按计量检定规程每年定期校准。因为尘埃粒子计数器在使用一段时间后, 其光学系统及检测系统都会发生变化, 如光源老化、发光效率降低或聚焦错位、透镜被污染, 从而使整机的转换灵敏度变化。 尘埃粒子计数器的校准, 就是对仪器各方面进行调整, 以获得最佳工作状态。
现阶段常见的校准尘埃粒子计数器的方法是利用两类不同的尘埃粒子计数器的比值进行控制，即将最小可测粒径小于 0.2微米的仪器称为A类仪器，其余的均为B类仪器。 在进行校准的时候，需要将A类仪器作为一个标准，从而通过计算得到B类计数器的技术效率，但是这种方式有一个严重的弊端，即A类尘埃粒子计数器无法被校准，只能默认其为准确的。 最常用的是2009年修订的《尘埃粒子计数器性能实验方法》，利用计数效率、粒子相应电压及比较法进行校准，但是对于尘埃粒子计数器的准确性没有做出任何规定，又没有对该技术参数的检测方法提出任何建议，而准确性恰恰是尘埃粒子计数器的根本计量特征。
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