针对农业部生物安全委员会批准首个转基因水稻安全证书引起的广泛质疑，人民日报发表《转基因水稻过安全关之前不上市》的报道予以解释：针对有关转基因水稻的安全问题，农业部官员表示，我国对转基因水稻的安全评价工作已进入到最后阶段，但整个过程没有最后完成，工作没完成之前，转基因水稻不会上市。
这不是自打嘴巴吗?既然安全评价工作还没有最后完成，凭什么批准首个转基因水稻安全证书?既然转基因水稻暂时不会上市，你批准首个转基因水稻安全证书干什么?这不是本末倒置吗?
转基因究竟是一个什么东西?它是不是真的绝对对人体是安全的?是不是真的是绝对无害的?我们还是看一看有关的消息，
2007年10月和11月，美国《纽约时报》等媒体报道，经过长期周密跟踪观察，发现有两种转基因玉米种植导致伤害蝴蝶生存，给食品生产链带来了副作用，影响到了河流生命的正常生存，对生态环境安全的威胁程度已经超出可接受水平。为此，欧盟已经做出了初步决定、禁止该转基因玉米的种子销售使用。
早些时候，美国国家科学院发布长篇科研调查报告清楚指明：越来越多的观察和发现证明，转基因农作物的种植和使用对动物和生态环境有潜在的安全威胁;由于农业生产周期长，现有检验预测技术不能帮助我们在短期内看到那些长期潜伏后才显现出来的安全威胁，现有科技能力也不能帮助我们纠正和弥补那些威胁带来的损害损失。因此，必须对转基因作物种植区域实行强制性隔离措施，对转基因食品实行更严格的控制和检测监测。
早在1998年秋，苏格兰Rowett研究所的普兹泰教授(Pusztai)就在电视上公开宣称，他的一项未经发表的实验证明，幼鼠在食用转基因土豆后，幼鼠的器官生长异常，体重和器官重量减轻且免疫系统遭受破坏。这位教授当时没有说出的更惊人的内容是，这些幼鼠的肝脏和心脏都要比正常小白鼠小很多，免疫系统更脆弱，甚至脑部也比食用正常土豆的老鼠药小很多。他害怕在公众中引起恐慌。
1999年，美国康耐尔大学的研究者John Losey也在英国《自然》杂志上发表报告，用涂有转Bt基因玉米花粉的叶片喂养斑蝶，导致44%的幼虫死亡。
2007年，在奥地利政府的资助下，泽特克教授及其研究小组对孟都山公司研发的“转基因玉米NK603(抗除草剂)和转基因玉米MON810(Bt抗虫)的杂交品种”进行了实验。他先选取一组小鼠作为对照组，这组小鼠从出生到死亡所食用的饲料都不含有任何转基因作物。然后，再选取三组小鼠，这三组小鼠所食用的饲料都含有33%的转基因杂交玉米。对于食用转基因玉米的小鼠，对其观察4代，研究转基因作物对其繁殖能力的影响。
