玉米真菌病有14种，经常发生叶斑病、丝黑穗病、黑粉病、黑条矮缩病、青枯病、小斑病、大斑病、圆斑病、病毒病、茎腐病、锈病、炭疽病、霉斑病、矮花叶病。应注选用抗病品种、加强栽培管理、合理轮作及药剂防治等措施及时防治病害，通过选用抗病品种和加强管理预防。

　　大斑病主要危害叶片，严重时可危险苞叶，发病初期为青灰色小点，后逐渐蔓延，在整个叶片布满大片不规则斑点，斑上有黑色霉状物。小斑病危害叶、茎，发病时出现椭圆形或长方形斑点，可用阿迷西达稀释喷洒可预防和铲除。

　　青枯病对玉米危害极大，多发病在玉米拔节期，不易发绝，会使整个植株青枯死亡，剥开茎干，会发现里面的髓部变为褐色。由于它不易发觉，但可以预防，可用专业药剂灌根。

　　锈病主要危害叶片，发病前期叶片出现圆形的病斑，还伴随着锈色粉末，后期病斑上会生长孢子。这些孢子可安全越冬，来年会接气流再次传染，并逐渐扩大，危害极大。选种时选用抗病力强杂交品种，合理施肥，发病初期用粉锈宁可湿性粉剂稀释后喷洒，发病重是重复喷洒。