吉首大学始创于1958年4月，二十年后复升为省属综合性大学。同年湖南医科大学湘西分院并入吉首大学组建医疗系，湘潭大学湘西分校并入吉首大学组建体育系，湖南医学院湘西分院并入吉首大学组建医疗系，后期吉首卫生学校也并入了吉首大学。
2001年，湘西民族教育学院与吉首民族师范学校并入吉首大学组建吉首大学师范学院；第二年，武陵高等专科学校并入吉首大学成为吉首大学张家界校区。学校总占地面积为2900余亩，建筑面积近60万平方米。
吉首大学是由国家民族事务委员会与湖南省人民政府省部共同建立的，具有“推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位研究生”资格，还入选了国家“中西部高校基础能力建设工程”、“卓越医生教育培养计划”、“卓越农林人才教育培养计划”等。 是中山大学、清华大学、中南大学对口支援学校。
根据吉首大学在湖南是第二批次招生，所以我们通常说吉首大学是二本大学。教育部门并没有明确规定某大学是几本大学，我们可以根据其在各省是第几批次招生来判断。如果吉首大学在你所在的省份是第一批次招生，也可以说其是一本大学。
在最新2019年校友会版全国大学中，吉首大学排名第338名，相比较去年的排名上升了实名。在省内的排名和去年一样排在第12名，没有变化。
吉首大学的宿舍实行的是公寓化管理，有四人间、六人间和八人间，八人间的宿舍条件肯定没有六人间和四人间的宿舍条件好。四人间的有独立阳台但是没有独立卫生间；六人间的有独立阳台、独立卫生间，还有书柜、衣柜和电脑桌；八人间的是上下铺的形式，房间比较小。
