胡先骕与秉志联合创办中国科学社生物研究所、静生生物调查所，还创办了庐山森林植物园、云南农林植物研究所。发起筹建中国植物学会。继钟观光之后，在中国开展大规模野外采集和调查中国植物资源的工作。
在教育上，倡导“科学救国、学以致用；独立创建、不仰外人”的教育思想。与钱崇澍、邹秉文合编中国第一部中文《高等植物学》。首次鉴定并与郑万钧联合命名“水杉”和建立“水杉科”。提出并发表中国植物分类学家首次创立的“被子植物分类的一个多元系统”和被子植物亲缘关系系统图。
1948年，胡先骕当选为中央研究院院士。他所领导的静生生物调查所，自1928年创办以来，历经20年，已成为一个享有声誉的颇具规模的科研机构。收藏的标本就有20余万号，发表了论文280余篇和《中国森林树木图志》、《中国植物图谱》、《中国蕨类图谱》等专著，还培养了一大批造诣很深的植物学家。为进一步开展中国植物资源的调查研究和合理开发打下了很好的基础。
