6、10 号线开通后，工作日早晚高峰行车组织均将执行大小交路运行模式，因此行车间隔将按区段划分。其中，6 号线科学馆 - 阳台山东区段行车间隔为 4 分 35 秒，阳台山东 - 松岗区段为 9 分 10 秒，全程运行时间约为 70 分钟。10 号线福田口岸 - 雪象区段行车间隔为 5 分 40 秒，雪象 - 双拥街区段为 11 分 20 秒，全程运行时间约为 54 分钟。同时，两条线路运营时间与既有线 分）。
为方便市民夜间乘车出行，6、10 号线; 半程末班车服务 。其中 6 号线科学馆 - 凤凰城、松岗 - 凤凰城区段双方向各加开 4 班次列车，10 号线福田口岸往甘坑单方向加开 4 班次列车，有限延长运营服务时间至 23:30。未来，将视线路客流情况调整运能。
深晚记者了解到，两条线路所有站点均实现了 智慧边门 和 智慧客服 服务。届时，特殊人群可通过指纹验证、人脸识别功能无接触过闸，同时还实现了第三方支付票卡业务服务。此外，6、10 号线; 以及车站投影显示屏等方式，为市民提供更加丰富的资讯服务。
6、10 号线通车后，光明、平湖等将迈入地铁时代。届时，不仅将方便沿线市民出行，同时还将极大缓解部分既有线路的客流压力。
之前，市民如需前往光明、平湖需要搭乘长途公交或自驾，龙华、坂田往福田、罗湖方向通勤的市民则需要赶早错峰搭乘地铁。随着 6、10 号线的开通，沿线市民可更加快捷地实现通畅出行。此外，6、10 号线均设有多个换乘站，可实现与既有线路的快捷换乘。
需要注意的是，目前，10 号线岗厦北站暂未开通，届时列车将不停站通过；10 号线福田口岸站因规划交通枢纽楼建设，暂时无法与 4 号线站内换乘，建议有需要的乘客出站后由 C 出入口步行 2~3 分钟由 B 口进入 4 号线，或是乘车至福民站后换乘至 4 号线。
