东京审判既是对世界反法西斯战争的历史总结，也是战后日本和远东国际关系新格局的起点。远东国际军事法庭对日本主要战犯作出的合乎正义的严正判决，东京审判对世界历史产生了重要的广泛影响。
东京审判的功绩
第一，东京审判是和平对战争、文明对野蛮、正义对邪恶的一次大审判，它既是法律的审判，也是政治的审判，具有划时代的政治意义和历史意义。
东京审判以反和平罪、战争罪、反人道罪审判战犯是国际政治和国际法发展的需要。由日、德、意法西斯发动的第二次世界大战是人类历史上规模最大、范围最广、生命财产损失最巨大的战争，仅以战争罪审判直接参加的普通罪犯，无法惩治策划、发动和指挥侵略战争的领导者。
只有用反和平罪、反人道罪，才能将策划、发动和指挥侵略战争的领导者押上神圣法庭惩罚其战争罪行。
反和平罪乃指发动侵略战争本身积聚了所有其他罪行的全部恐怖行为，所以是最严重的国际罪行；反人道罪是对和平居民的杀害、奴役、强迫迁徙或以政治、种族或宗教的原因而实施的种族灭绝和大屠杀等罪行，不仅为国际战争法规所禁止，也是人道主义理念所不容。
远东国际军事法庭根据许多第一手原始资料和1000多人的证词，核实了大量史实，系统地揭发和列举了日本政府和军部策划发动侵略战争及其在战争中犯下的许多骇人听闻的种种罪行，尤其是南京大屠杀，在国际社会产生了巨大震动，确认了日本从九一八事变到太平洋战争期间所进行的都是侵略战争。
远东军事法庭是代表所有战争受害国，代表世界人民对战争罪犯进行审判，绝不是战胜国对战败国的单方面审判，它的本质是国际正义对法西斯邪恶势力的审判。
第二，东京审判对国际法的发展特别是国际刑法的发展做出了重大贡献。
东京审判的军事法庭的设立是由二战期间同盟国达成的《波茨坦公告》、《日本投降书》等一系列具有法律约束力的国际文件所确定，远东盟军最高统帅部的《特别公告》和《远东国际军事法庭宪章》，基于《非战公约》以及《莫斯科宣言》、《伦敦协定》等国际法或国际文件而制定，它与欧洲军事法庭判决书一样，是世界各国公认的关于战争的重要国际法文件，它在国际法上开了先河，促进了战争法规的建立与发展。
此外，东京审判为研究日本近现代史、中日关系史、远东国际关系史和国际法特别是战争法规，提供了一个丰富、权威而庞大的历史资料库。
东京审判的缺憾
从总体上来说，东京审判是公正的，但同时，东京审判存在明显的缺失。可以说，远东国际军事法庭对日本战犯的判决，只能说是对日本军国主义侵略战争罪行的部分清算，很不彻底，很不完全。
第二次世界大战结束后，由于美国的对外政策明显地转向反苏、，急欲把日本变成的东方前哨阵地，美国占领当局竟不顾中国和全世界人民的反对，对日本战犯竭力庇护或大批释放。
判决书只强调日本军队在实行侵略战争方面的罪行，而竭力减轻或回避日本天皇、重臣、高级官僚和财界领导者等的责任。
第一，没有追究日本天皇的战争责任，是东京审判的一大缺略。
裕仁天皇对日本侵略战争以及日军暴行负有最高领导者的责任，但是，作为侵略战争的最高统帅裕仁天皇却没有受到任何追究。
天皇是日本宪法体制和战争责任体制中的最高权力者，不追究天皇的战争责任，就不可能彻底追究日本国家的战争责任。没有追究天皇的战争责任，还给战后的日本政治带来了严重后果，造成日本政府和主流社会拒绝对侵略战争进行诚心的反省和悔改，政治上长期右倾化。
为什么美国不追究日本天皇的战争责任?一句话，减少美军伤亡与保留天皇制度，成了美国与日本不谋而合的日本投降结果。
战败前的日本，同投降前的德国有很大的不同，德国在投降前夕，国土被盟军占领，军事上已经没有讨价还价的筹码。日本战败前，本土尚没有遭到全面进攻，在海外还有100多万军队。
到1945年6月，日本政府仍作出本土决战、一亿玉碎的顽抗计划，即使到了1945年7月26日美、中、英三国政府发表促令日本投降的《波茨坦公告》后，日本军国主义政府仍然在降与和的问题上发生分歧争论，双方对峙，直至天皇最后裁决，才在维护天皇制度国体的条件下接受投降。
美军在硫磺岛战役(美军伤亡26000余人，日军伤亡28700人)和冲绳岛战役(美军伤亡44100余人，日军伤亡13.5万人)中因日军的拼死顽抗而遭受重大伤亡，倘若美军要登陆日本本土作战，据美国军方估计，大概还要付出100万人的伤亡代价，并推迟到1946年的秋冬才能进行。
所以，美国单方面放宽对日本投降的条件要求，由美国起草，以美中英三国政府名义发表的敦促日本投降的《波茨坦公告》，美国有意不写进废除日本天皇制的条款，日本军国主义集团恰恰利用了美国政府这一点，从而达到了保留天皇制度进行投降的目的。
第二，没有把反人道罪作为独立的起诉原因，是东京审判的严重不足。
反人道罪包括日本对朝鲜、台湾等殖民统治地特别是在中国的占领区进行的残酷统治罪行，但在检察官的起诉书中几乎没有涉及这些问题，更没有把日本殖民统治的暴行作为战争犯罪来进行追究。战争最大的受害者即亚洲各国特别是中国民众的被害没有被摆到审判的正面。
第三，没有起诉搞细菌战和化学战的日本战犯，是东京审判的严重缺失。
由于美国的庇护，在远东国际军事法庭审判的日本战犯中，有5000多名日本军人公然违背国际公约在中国进行细菌战和化学战，参与了细菌武器、化学武器的研制、生产和使用，包括惨无人道的用活人进行实验，理应受到严惩，但细菌战干将石井四郎、北野政次、若松有次郎、增田知贞等人，却被美军占领当局保护起来，并掩盖其重大的战争犯罪事实，成了为美国提供细菌战研究情报的有价值的合作者，而被免于起诉。
作为交换条件，石井四郎等20名细菌战专家，向美国提交了长达60页的人体实验报告、20页的19年的作物毁灭研究报告和8000张细菌战实验人体及动物的解剖组织幻灯片；另还有石井四郎本人从事细菌战各阶段研究20年经验的专题论文。
由于美国的包庇，虽然侵华日军实施细菌战、化学战的事实早已真相大白，但日本政府至今不认错。
虽经中国细菌战受害者多次向日本政府起诉、抗议，但一直到2002年8月，日本东京法院才作出认定有侵华日军曾发动细菌战和杀害中国人民的事实，但拒绝向受害者赔礼道歉及经济赔偿的裁决。不愿反省或否认自己过错的民族，极有可能重蹈覆辙。
第四，虎头蛇尾是东京审判的明显缺陷。
第二次世界大战结束后，1948年3月，美国国务院政策计划委员会主席乔治釰凯南与麦克阿瑟共同提出，并得到美国国家安全委员会批准的对日本的新方针为：美国政府应保护日本不受的威胁。因此，美国必须在日本留驻军队，缔结对日和约应该是简单的、一般性的，而不是惩罚性的，等等。
此前，美国就释放了大资本家鲸川和航空工业巨头中岛等人。这些人没有受到审判，也就使日本侵略的根源没有得到彻底揭露。1948年12月24日，即对7名甲级日本战犯执行绞刑的第二天，麦克阿瑟总部即宣布，释放仍在巢鸭监狱中服刑的岸信介等19名甲级战犯嫌疑犯。
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