孙思邈到底活了多少岁，争议比较多。
纪晓岚在《四库全书总目提要》中论及孙思邈年寿，认为孙思邈生于隋文帝开皇元年辛丑（581年），卒于唐高宗永淳元年壬午（682年），享年101岁。
贾得道《中国医学史略》认为，两唐书孙传所谓孙氏在周宣帝时因王室多故而隐居太白山，以及杨坚辅政时徵孙氏为国子博士，孙氏称病不起等史料，推论孙思邈在北周宣政元年至宣政二年（578年－579年）间至少年逾弱冠，如此，孙氏应在北周武成二年（560年）以前诞生，其享年应为120岁以上。史仲序、张志远氏亦主张类似此说。
一说孙思邈的生年在北周孝闵帝元年（557年）左右，卒年仍为永淳元年（682年），享年125岁。依《旧唐书·孙思邈传》，北周宣帝时孙思邈以王室多故，隐居太白山。隋文帝杨坚辅政，征为国子博士，但孙思邈称疾不出仕。
按周宣帝即位于建德七年（578年），次年禅位于周静帝，而杨坚辅政是在大象二年（580年），故孙思邈生于开皇元年的说法令人怀疑。魏徵等于唐太宗贞观时奉诏修齐、梁、陈、周、隋五代史，曾屡次询访孙思邈，而他“口以传授，有如目睹”。
按修史人员如姚思廉生于北周孝闵帝元年（557年），李百药生于北周保定五年（565年），他们熟知前代史事，难道还会一再询访比自己小一、二十岁的孙思邈？《旧唐书·孙思邈传》说：“询之乡里，咸云数百人，话周、齐间事，历历如眼见，以此参之，不百岁人矣。”据史推之，孙思邈当生于北周孝闵帝元年（557年）左右，则列传中的有关史事大多可以讲通。若其的确卒于永淳元年，那么孙思邈的享年应为120余岁。
