1.申请购买手续不同。投资者购买凭证式国债，可持现金直接购买;投资者购买储蓄国债（电子式），需开立个人国债托管账户并指定对应的资金账户后购买。
2.债权记录方式不同。凭证式国债债权采取填制“中华人民共和国凭证式国债收款凭证”的形式记录，由各承销银行和投资者进行管理;储蓄国债（电子式）以电子记账方式记录债权，采取二级托管体制，由各承办银行总行和**国债登记结算有限责任公司统一管理，降低了由于投资者保管纸质债权凭证带来的风险。
3.付息方式不同。凭证式国债为到期一次还本付息;储蓄国债（电子式）付息方式比较多样，既有按年付息品种，也有利随本清品种。
4.到期兑付方式不同。凭证式国债到期后，需由投资者前往承销机构网点办理兑付事宜，逾期不加计利息;储蓄国债（电子式）到期后，承办银行自动将投资者应收本金和利息转入其资金账户，转入资金账户的本息资金作为居民存款按活期存款利率计付利息。
5.发行对象不同。凭证式国债的发行对象主要是个人，部分机构也可认购;储蓄国债（电子式）的发行对象仅限个人，机构不允许购买或者持有。
6.承办机构不同。凭证式国债由各类商业银行和邮政储蓄机构组成的37家凭证式国债承销团成员的营业网点销售;本次发售的储蓄国债（电子式）由经财政部会同中国人民银行确认代销试点资格的中国工商银行、中国农业银行、中国银行、中国建设银行、交通银行、招商银行和北京银行7家已经开通相应系统的商业银行营业网点销售。
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