说每个Linux发行版都有自己的不足，而是想强调Linux现在“分裂”（分裂这个词妥当吗？）的太厉害。当我们在谈论Linux这个大话题的时候，我们往往不知道在谈论什么。
题主的问题的目的是把Linux和Windows，OS X做对比，所以我认为把这个对比限定在Ubuntu或者Debian或者某一个具体发行版比较好。 否则就像楼下某个答案的评论里所说：Android也是Linux！
网卡这两年好点了，显卡，尤其是各种双显卡、交火，以及视频硬解功能，基本还是残废状态。可这年头笔记本厂又都喜欢动不动来个集显+独显，就是不卖集显型号，还多半不能在BIOS里设置只用独显（跟硬件实现方式也有关）。
要说桌面的话，大概就是GNOME + KDE这个局面最蛋疼，很难单纯使用GTK或者QT程序，两种都用的话简直就是诱发精分、逼死强迫症：得折腾蛮久才能勉强统一体验。
最后，这儿很多回答其实根本没有说到对应问题的根源上，有的是使用方式不对、不熟悉、错误的归咎，有的则干脆是早就不存在的问题。但总之还是可以看出： Linux对普通用户还是很不友好。
我不能接受的只有1点，内核处理休眠有问题，导致dns解析异常慢，貌似都没有人提到。如果每天都不关机，下班盖上笔记本，用的时候打开，不出一个月你要重启了。
2.初入opensuse，惊艳，是从引导界面开始就惊艳绝伦，那个墨绿色的kde主题，开机声音，在还没有win7的年代，真是太了不起了，尼玛卡出翔了还能用么？
3.radhat系（包括centos）没得说，抛弃他的主要原因就是不个性化，毕竟面向企业用户，折腾起来没劲，但是如果没有遇到gentoo，会一直用下去。
6.arch，真是又爱又恨，第一次装起arch，gnome2的感觉就是，我的电脑飞起来了。那个响应速度，配置的简单快捷，充分体会到了什么是KISS，aur简直不能更赞。但是它太超前了，也就逼得用户必须超前，各种软件包出现问题的时候总能在arch的wiki上找到解决办法，因为其他发行版用户期待新版本的时候，arch用户早就被坑过了，这也是arch对开源最大的贡献之一了。当然最不能忍的也是这一点，如果单独更新某个包影响到基础库文件，能正常进桌面就是中奖了。
好多linux用户吐槽都没吐到点上，什么应用软件没有替代品，驱动问题，aix，hp-unix，solaris都有解决方案么？商业公司觉得没有价值就不会跟进（
商业公司也要给员工薪水，去搞驱动、搞跨平台软件没有回报当然不会做，这点都搞不明白而去喷linux的人，是不是考虑给我捐点钱，每天捐个10块钱就好
Linux 只是个内核而不是操作系统，用户真正使用的操作系统是 Ubuntu, Fedora 等发行版。要吐槽这各种相似而又微妙地不兼容的操作系统们你是永远找不到靶子的：你要吐槽桌面他会叫你扔掉垃圾 Unity, 吐槽依赖问题他会说谁叫你不用 Arch, 吐槽 Vi 你就算惹祸上身了 Vi 党 Emacs 党都不会待见你的。总之就是先森你认错人了。
这些 Linux 发行版跟 FreeBSD, HP-UX 等一样，属于类 UNIX 操作系统，本质上都是当年 UNIX 系统的 copycat. 现在各发行版的至少 2 套桌面环境，3 套 UI 库，一打的脚本语言，软件换个发行版能不能跑纯靠运气的状况，只是当年无数套互不兼容的 UNIX 操作系统的历史重演而已。
The UNIX Haters Handbook 是对 UNIX 从系统设计，开发环境到用户社区从根子上的系统吐槽，包含无数经典段子，书里的大部分内容也适用于今天的 Linux 发行版和社区。这本书的扉页致谢是：
而给这本小书写序的则是大名鼎鼎的Don Norman，对就是写 The Design of Everyday Things 那位。之后还有 C 发明者和 UNIX 作者之一的 Dennis Ritchie 的劲爆反吐槽。之后内容句句到肉，实为 *nix 黑居家旅行必备良药。
如果要看对系统设计更深入的吐槽，就一定要看 Rob Pike 同学的半自黑（他不是 UNIX 创始人所以不算纯自黑）The Good, the Bad, and the Ugly: The Unix Legacy (
这两份资料焚灰和水吞服，对「你觉得不爽是你不会用体会不到 UNIX 设计优美强大」的脑残症状治疗有特效。
1 唯一没有可用的QQ客户端的操作系统（腾讯官方的过旧已不能登录），我现在的做法是用鞋带绑了一个android手机开手机QQ，权当这是外设，只是打字很不方便，我想再给这个外设加个外设（蓝牙键盘）。请不要提webqq，那玩意如果当时没看到消息的话，或者不小心关了消息窗口，哪怕浏览器窗口还在，再打开就看不到刚才的聊天记录了。此外，wine里面也没有
2 联想某系列笔记本电脑在多个Linux发行版下F1-12都不能用（按F5的话，默认是执行了Fn+F5，在linux下没有驱动，经评论中的朋友提醒，可以在BIOS里关掉这个“功能”）
3 centos下无法识别broadcom无线网卡，官方都不提供驱动（不是设备旧也不是版本旧，也不是没找到，而是wiki里找到了，明确说不提供），broadcom提供了老源码，但已久不更新，已不能在centos下编译通过。有朋友评论说这个问题赖broadcom，但同是linux发行版的ubuntu为什么能识别broadcom呢？如果你想解决，办法总是有的，如果你不想解决，理由总是有的。（ubuntu可能也是最近才支持的，搜索ubuntu+broadcom也能搜出很多血泪攻略）
4 依赖的东西太多，你想安装一个张三软件，但是编译不断报错，提示你缺少李四、缺少王五、缺少吴老三、缺少张二狗他大爷的表弟的隔壁的小女孩的那条狗，最终编译通过时整个人都不行了。形象的比喻：使用linux的体验就像玩一款角色扮演游戏，那些错误信息就像一个一个的npc：“年轻人，你想编译PHP？去村西头的酒吧找一个叫李四的酒保吧。但如果想让他帮你，你首先要去村东头的王二麻子家的猪圈里找到一瓶神水，用这个神水帮李四治好他的老母亲。”都做完之后，李四说了：“要继续编译PHP，你还要集齐七颗龙珠……”
有一些人喜欢把这些受虐的经历叫做知识，不受虐就不能深入的理解Linux的真正的奥妙，病情更严重的家伙还被虐出了优越感：Linux的真谛是使用windows的小白无法体会的，这种快感只属于他和linus torvalds的二人世界。
6 各种莫名其妙的问题，前几天ubuntu推送安全更新，我准奏之后发现php开发环境挂了，研究了大半天也解决不了，最后抱着试试看的心情把php-fpm由sock改成port，问题解决。网上搜到几年前一个哥们的日志，也是ubuntu升级，也是导致php挂了，他当时的解决办法是由port改成sock。噗～～你说这叫什么事啊？
Linux的最大问题是，基本上每个软件的依赖链上的每个软件包（直至内核）都是独立开发和更新的，
这样实际上意味着用户必须要有当一个QA的觉悟才能把它用好，因为一个如此长的串联的依赖链条不含bug是不可能的，何况这个链条的每一节每天都在修改
用Ubuntu快一年了，除了无法忍受BUG之外，从开发的角度讲真是比Windows方便很多。下面是我觉得Linux比较蛋疼的地方：
Ubuntu经常出现Bug屏幕卡死，只能kill Xorg重启桌面环境，这时候如果文件没保存那就太不幸了，从头来过吧。
每次升级之后总会出现新Bug，害得我不敢升级。比如有一个BUG我已经关注很久了，就是数字键盘的灯一直显示不对。目前是灯灭的时候输入的是数字，亮的时候却无法输入数字。这个BUG已经经历了很多个版本了，每次升级系统都有新花样。
压缩包中文文件名与Windows不兼容。Linux中压缩之后在本机打开是完好的，拿到Windows中就是乱慢。从网上下载的一些软件有的是RAR格式，解压之后文件名都是乱码。
在中国，绝大多数的软件就只有win平台上的。别给我说QQ不能用就用IRC,PS不能用就用GIMP,迅雷不能用就用qbittorrent etc.这些软件平台完全没有中国人的圈子。网页看个视频插件都装不了，有多少网站只支持IE，多少高校学子因为校园宽带只有Win版而放弃Linux，走上c＃不归路。。。
有时会栈进式地出现问题，就是要解决问题A就先要解决B，解决B就先要解决C……这当然会锤炼你google的能力和解决问题的能力还有英语阅读能力，但有时候面对棘手的问题，无论深度还是广度都看似无限种可能性时，你检查着海量的错误日志，尝试google上每种只言片语，最后焦头烂额、精疲力竭，这时候通常会有一种深深的无助感。而同样的事在Windows上可能早已有人给你写好带图片的中文教程了。
我清晰的记得，那是一个清晨，当我连续工作四十八个小时解决了一个复杂的依赖关系之后，伴随着一阵巨痛，有一物什从胯下飞出。从此以后，我神功大成，我可以解决我遇到的一切问题。
