玛卡是纯天然草本植物，具有非常的营养物质，但是，玛卡本身就有一些副作用，最常见的副作用是患者在服用过量会导致上火，而正在上火的人群吃玛卡会导致上火加重，出现口干、便秘等不适的症状，对于易过敏体质的人来说，最好不要吃玛卡。
据临床报道，极个别的患者在服用玛卡后，可能会出现口部，嘴唇或者是咽喉有瘙痒，刺痛或者是肿胀，同时，也出现皮疹、皮肤红肿、瘙痒，严重时还可能会出现吞咽困难，呼吸困难、关节僵硬、昏迷，甚至休克。
另外，由于玛卡中还含有硫代葡萄糖苷的化合物，如果结合低碘饮食，长期过量服用后，可能会导致甲状腺肿胀，因此，甲状腺疾病的患者是不建议服用本品的。
同时，由于本品还可能会增加体内荷尔蒙的分泌，导致出现青少年粉刺等皮肤疾病，所以，青少年、婴幼儿不适合吃玛卡，一般还建议孕妇、婴幼儿、哺乳期、妇女等特殊人群，最好不要使用，如果病情需要应在医生的指导下进行。
