客用花呗付款商家有手续费，手续费计收标准按照商家上款金额的0.8%/笔收取，也就是说，顾客用花呗付款100元，商家要承担0.8元的手续费。
不过，支付宝商家服务会不定期推出花呗收钱费率优惠，需以实际收钱计收的手续费为准。如果觉得花呗收钱的手续费太高，不划算，商家可以通过支付宝商家服务页面的设置关闭花呗收钱功能。只有支持使用花呗分期的店铺，才能享受这个服务。
淘宝规定，只要是支持支付宝贷记付款的商户，系统会自动评定交易情况，达到一定的等级会自动准入花呗分期，所以无法人工手动开通。
假设购买一笔5000元的商品，那么使用花呗付款，淘宝会从商家那扣除1%的手续费，实际到账4950元。这笔5000元的花呗付款，出账后买家再根据自己的情况进行分期即可，商家不会再扣除相应的费用。
商家开通花呗收款，只要顾客使用花呗付款，不管是全额付款还是分期付款，商家都会有花呗收款千分之八的手续费。
店铺没有开通花呗支付功能的，那么买家付款用的花呗额度，是不会扣卖家的手续费的，如果开通了支持花呗付款，由卖家来承担手续费。
