哲蚌寺住持索南嘉措应邀抵达青海湖南岸，会见蒙古土默特部首领俺答汗。俺答汗赠给索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇”名号，是为“”名号之始。索南嘉措剃度蒙古贵族子弟多人出家，使格鲁派传入蒙古，并在青海湖边建格鲁派寺院。又因明朝官员的邀请到甘州，向明朝上奏章，受到明朝的封赏。
索南嘉措按照明朝的要求劝说俺答汗率部众返回土默特，并派弟子东尔活佛随俺答汗去蒙古，自己动身回藏。
索南嘉措应土默特部的邀请前往土默特参加俺答汗葬礼。路过青海时，在宗喀巴出生地和宗喀巴纪念塔旁兴建弥勒殿，使青海塔尔寺初具规模。
索南嘉措抵达归化（今呼和浩特），举行超荐俺答汗的法事，并在呼和浩特建立寺院，授徒传法。漠南北蒙古各部首领纷纷前来拜见求法。
明朝因土默特部顺义王奢力克的请求，派人到土默特，封索南嘉措为“朵儿只唱”，并召请他进京朝见。索南嘉措动身进京，途中在卡欧吐密地方圆寂。
云丹嘉措抵达拉萨，在热振寺举行坐床仪式，然后到哲蚌寺居住学经。后以甘丹赤巴为师，出家受沙弥戒。
云丹嘉措以当时任扎什伦布寺住持的罗桑确吉坚赞（即四世班禅大师）为师受比丘戒。觉囊派多罗那它在第司藏巴的资助下建达丹彭措林寺。云丹彭嘉因僧众请求担任哲蚌寺住持，同时兼任色拉寺住持。
明朝派人进藏，在拉萨封云丹嘉措为“普持金刚佛”，并邀请他进京朝见。云丹嘉措答应进京，但于当年年底在哲蚌寺圆寂。
第司藏巴的军队在拉萨大败支持格鲁派的第司吉雪巴和蒙古的联军，哲蚌寺和色拉寺的数千僧人被杀，第司藏巴下令禁止寻找云丹喜措的转世灵童。在达垅寺住持的调停下，在哲蚌寺和色拉寺的许多庄园和属民被第司藏巴没收，并要向第司藏巴缴纳罚金的条件下，第司藏巴同意格鲁派僧人返回哲蚌寺和色拉寺。五世阿旺罗桑嘉措在琼结出生。
第司藏巴噶玛彭措南杰进兵雅隆，第司藏巴政权控制前后藏大部分地区，号称“藏堆杰波”，清初汉译为“藏巴汉”。云丹嘉措的强佐索南饶丹声称到曲科杰寺发掘根敦嘉措建寺时埋藏的宝物以缴纳罚金，得以第司藏巴的允许，从拉萨去曲科杰寺。强佐索南饶丹在路上摆脱第司藏巴所派的监视者，前往青海蒙古搬救兵。
强佐索南饶丹领来在青海的蒙古土默特部拉尊穷哇的军队，在拉萨大败第司藏巴的军队。当时正在哲蚌寺的四世班禅罗桑确吉坚赞出面调停，第司藏巴被迫同意归还哲蚌寺和色拉寺被没收的庄园和属民，并准许转世。第司藏巴噶玛彭措南杰去世，其子噶玛丹迥旺波继位，年仅17岁。
出身于山南琼结家族的阿旺罗桑嘉措（当时在羊卓浪卡子舅父家中居住）被认定为五世，经第司藏巴噶玛丹迥旺波允许，由格鲁派和蒙古的代表迎请到拉萨哲蚌寺坐床。
占据青海的蒙古喀尔喀部却图汗派其子阿尔斯兰领兵进藏，支持第司藏巴和噶玛噶举派反对格鲁派。阿尔斯兰进藏后转变计划，与格鲁派保持和平，并派兵攻打第司藏巴。后来，阿尔斯兰被部将杀死后，其部众云散。
信奉格鲁派的卫拉特蒙古和硕特部首领固始汗因格鲁派的请求，率后从新疆南下青海，一举攻灭却图汗。固始汗带领少数随从到拉萨会见五世阿旺罗桑嘉措和四世班禅罗桑确吉坚赞，双方互赠名号，五世赠给固始汗的名号为“丹增却吉杰波”（持教法王）。
固始汗进兵康区，攻打敌视格鲁派的白利土司。西藏各地方势力首领联合派戴青曲杰为代表到沈阳去与清朝建立关系。
固始汗在格鲁派的配合下率兵进藏，攻破桑珠孜（今日喀则），俘获第司藏巴，不久处死，第司藏巴政权结束。固始汗迎请五世阿旺罗桑嘉措到桑珠孜，将前后藏献给五世，委任索南饶丹为第司，管理行政。蒙古和硕特部与格鲁派联合建立甘丹颇章政权。
五世阿旺罗桑嘉措因固始汗的要求撰写《西藏王臣记》。因受第司藏巴的支持者和噶尔巴家族发动反对固始汗和格鲁派的战乱的牵连，十世噶玛巴黑帽系活佛却英多吉被迫逃往云南丽江。
西藏使者戴青曲杰等返回拉萨，迎来清朝皇帝的书信和礼品。清军入关消息传到拉萨，固始汗、五世、四世班禅等遣使到北京祝贺清朝顺治皇帝登上皇位。
年初，五世阿旺罗桑嘉措离京返藏行至岱噶时，顺治皇帝遣使册封五世为“西天大善自在佛普通瓦赤喇怛喇”，赐金册、金印。顺治皇帝还派使臣与五世一起入藏，册封固始汗为“遵行文义敏慧固始汗”，赐金册、金印。7月，仲麦巴·桑结嘉措生于拉萨北郊的娘线年（清世祖顺治十一年 藏历第十一饶迥木马年）
七月，五世阿旺罗桑嘉措和达延汗任命仲麦巴·赤列嘉措为第司。顺治皇帝派使者到云南，赐给却英多吉敕书和印章。
五世阿旺罗桑嘉措著《受法录·恒河水流》、《尺牍指南明镜》。按照清朝皇帝的旨意，十世噶玛巴黑帽系活佛却基多吉和在云南出生的六世噶玛巴红帽系活佛的转世灵童回到拉萨，五世会见了他们。由此噶玛噶举派和格鲁派消除敌对，相安无事。
东托巴白玛仁增在德格建佐钦寺。七月，五世阿旺罗桑嘉措打算任命仲麦巴·桑结嘉措为第司，仲麦巴·桑结嘉措以自己年纪太轻为由推辞，五世任命洛桑金马为第司。
德达林巴建扎囊敏珠林寺。五世阿旺罗桑嘉措以夏鲁哇钦波为师，重新受喀且班欠戒统遥比丘戒。并给许多人重新传授比丘戒。
一月，洛桑金马辞去第司职务。二月，五世阿旺罗桑嘉措任命仲麦巴·桑结嘉措为第司。西藏与拉达克发生战争。桑结嘉措制定《十二法》。
五世阿旺罗桑嘉措命其弟子梅热在门达旺地区兴建达旺寺，使之成为该地的宗教和行政中心。
二月，五世阿旺罗桑嘉措在布达拉宫圆寂。第司桑结嘉措决定实行匿丧，自己以五世的名义处理政教事务。
三月，六世仓央嘉措生于门达旺地区。康熙皇帝下令在北京刻印《藏文大藏经丹珠尔》，合称康熙版《藏文大藏经》，亦称北京版《西藏大藏经》。
第司桑结嘉措写成藏医著作《蓝琉璃》。并命洛扎诺布嘉措等人将《蓝琉璃》的内容绘成60幅唐卡画。
康熙皇帝封第司桑结嘉措为“掌瓦赤喇怛喇教弘宣佛法王”，并赐金印。第司桑结嘉措在康熙皇帝的责问下，报告五世已去世，请求暂不宣布。在布达拉宫内为五世兴建的灵塔建成。次年，为灵塔举行开光仪式。
第司桑结嘉措为五世公开发丧，向康熙皇帝奏报寻访五世的转世灵童的情形。经康熙皇帝同意后，五月，迎请转世灵童浪卡子，以五世班禅为师受沙弥戒。十月，六世在布达拉宫坐床。康熙皇帝派二世章嘉活佛到拉萨看视转世灵童坐床。此即六世仓央嘉措。
第司桑结嘉措与蒙古和硕特部汗王拉藏汗发生冲突，虽经三大寺扎仓堪布等调解，达成了第司桑结嘉措让出第司职务给其儿子阿旺仁钦、拉藏汗离开西藏去青海的协议，但是双方都未履行，后召集部下再战，第司桑结嘉措兵败被杀。六世仓央嘉措也被拉藏汗废黜，解送北京。
1706年（清圣祖康熙四十五年 藏历第十二饶迥火狗年）六世仓央嘉措行至青海湖边时去世。拉藏汗立阿旺意希嘉措为，拉萨三大寺部分僧人和青海蒙古一些首领不满拉藏汗废黜六世仓央嘉措，不承认阿旺意希嘉措是五世的转世。
一世嘉木样活佛阿旺尊追在甘南夏河奠基建拉卜楞寺。青海蒙古众首领向康熙皇帝上奏，声称在理塘找到六世仓央嘉措的转世灵童，请求康熙皇帝批准承认理塘灵童为。
卫拉特蒙古准噶尔部首领策妄阿拉布坦与拉藏汗联姻，派兵以送女婿、女儿赴藏为名，偷袭西藏，并以送真到西藏为号召，鼓动西藏僧俗反对拉藏汗。准噶尔军攻破拉萨，击杀拉藏汗，废黜拉藏汗所立的阿旺意希嘉措。准噶尔军入藏后，强征供养，毁敏珠林寺等寺院，杀戮僧俗，引起许多官员百姓的反抗。康济鼐、颇罗鼐等人在阿里、后藏起兵，阿尔布巴等人在工布起兵，反抗准噶尔军。
康熙皇帝命额伦特率兵数千人入藏驱逐准噶尔军，行至藏北那曲，与准噶尔军交战，全军覆没。朵喀夏仲策仁旺杰著小说《勋努达美》。
康熙皇帝派皇十四子到青海塔尔寺，封青海蒙古首领承认的格桑嘉措为，此即七世格桑嘉措。清军在青海蒙古各部的配合下，进军西藏，护送格桑嘉措到拉萨坐床。
清军抵拉萨，康熙皇帝封康济鼐为贝子，与阿尔布巴、隆布鼐共同掌管西藏政务。卓尼土司玛索公保出资刻印《藏文大藏经·甘珠尔》。
西藏统治集团内部发生内争，阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐合作杀害康济鼐，颇罗鼐逃到后藏，前后藏发生战乱。清朝派大臣驻藏办事。
颇罗鼐战胜阿尔布巴等，进入拉萨。清军到拉萨后，处死阿尔布巴等，命颇罗鼐掌管西藏政务。雍正皇帝下令将七世迁移到康区噶达地方，并建泰宁寺供其居住。
雍正皇帝命副都统福寿和章嘉活佛乳必多吉等护送七世返回拉萨。乾隆二年（1737年）德格印经院刻印《藏文大藏经·丹珠尔》，完成德格版《藏文大藏经》。
乾隆皇帝命章嘉活佛乳必多吉主持，将雍正皇帝即位前的住所雍和宫改建为藏传佛教寺院，并命七世格桑嘉措从西藏派遣僧人到雍和宫担任扎仓堪布。
拉萨发生珠尔默特木扎勒之乱，驻藏大臣傅清、拉布敦杀珠尔默特木扎勒，珠尔默特木扎勒亲信党羽杀害驻藏大臣。
乾隆皇帝制定《酌定西藏善后章程》十三条，命七世格桑嘉措掌管西藏政教。其下设立4名噶伦，办理行政事务，组成噶厦，同和驻藏大臣共同领导。
七世格桑嘉措去世，乾隆皇帝命第穆活佛德勒嘉措出任摄政，派章嘉活佛乳必多吉入藏主持办理认定七世的转世灵童的事务。
清朝增派福康安率领大军入藏反击廓尔喀军，攻入廓尔喀境内，廓尔喀投降议和。乾隆皇帝派人入藏管理，铸造成西藏钱币。
英军侵略西藏，西藏军民在江孜英勇抵抗，失败。十三世土登嘉措逃离拉萨，去蒙古库伦。英军进入拉萨，强迫订立《拉萨条约》共十条。
十三世土登嘉措从蒙古回藏，行至青海塔尔寺奉旨停止，等候进京。中央在北京订立《中英续订藏印条约》，以光绪三十年（1904年）《拉萨条约》为“附约”。
辛亥革命后，在藏川军受西藏军民围困，内部又分派混战。川军交出武器，经印度由海道返回四川。十三世土登嘉措年底返回拉萨。
热振活佛出任摄政。国民政府派黄慕松进藏，致祭十三世土登嘉措，设立蒙藏委员会驻拉萨办事处。
十四世丹增嘉措在布达拉宫坐床，国民政府派蒙藏委员会委员长吴忠信入藏主持坐床大典。次年摄政热振活佛辞职，大札活佛继任摄政。
中央人民政府代表团与西藏地方政府代表团经过谈判，5月，在北京签订《中央人民政府和西藏地方政府关于和平解放西藏办法的协议》（简称《十七条协方》）。7月，中央人民政府驻藏代表张经武到达西藏。9月，西藏地方政府召开僧俗官员会议，决定拥护《十七条协议》，人民解放军进藏部队的先遣部队抵达拉萨。10月，人民解放军进驻拉萨，十四世丹增嘉措致电主席，表示拥护关于和平解放西藏办法的协议，西藏和平解放。12月，十世班禅确吉坚赞从青海启程进藏。
1月，中共西藏工作委员会成立。2月，中国人民解放军西藏军区成立。4月，十世班禅到达拉萨，在布达拉宫会见十四世。6月，十世班禅抵达日喀则扎什伦布寺。8月，西藏致敬团出发前往北京。拉萨小学开学。10月，主席在北京接见西藏致敬团。11月，西藏藏文版《新闻简讯》在拉萨创刊。川藏公路通车到昌都。12月，西藏军区干部学校开学。
1月，拉萨市爱国青年文化联谊会成立。2月，驻京办事处成立。4月，西藏地区佛教代表团赴京参加中国佛教协会成立大会。6月，和班禅额尔德尼当选为名誉会长。9月，拉萨市有线年（藏历第十六饶迥木马年）
4月，中华人民共和国和印度共和国在北京签订关于中国西藏地方和印度之间的通商和交通协定，并换文规定印度撤退在中国西藏地方的武装部队。7月，、班禅额尔德尼分别启程前往北京，出席第一届全国人民代表大会。9月，在第一届全国人民代表大会第一次会议上，当选为全国人民代表大会常务委员会副委员长，班禅额尔德尼当选为全国人民代表大会常务委员会委员。12月，青藏公路、川藏公路正式通车到拉萨。在第二届中国人民政治协商会议第一次会议上，班禅额尔德尼·确吉坚赞当选为全国政协副主席。
3月，国务院决定成立西藏自治区筹备委员会，由丹增嘉措任主任委员，班禅额尔德尼·确吉坚赞为第一副主任委员。6月、班禅额尔德尼回西藏。
4月，陈毅副总理率领中央代表团到拉萨。西藏自治区筹备委员会成立大会在拉萨举行。9月，西藏第一所中学拉萨中学开学。11月，剌嘛和班禅额尔德尼应邀赴印度参加释迦牟尼涅磐2500周年纪念大会。
3月，西藏地方政府和上层反动集团在拉萨制造武装叛乱，十四世丹增加措逃离拉萨。人民解放军奉命平息武装叛乱。国务院发布命令，解散西藏地方政府，由西藏自治区筹备委员会行使西藏地方政府职权，由班禅额尔德尼·确吉坚赞代理筹备委员会主任委员，任命帕巴拉·格列朗杰为副主任委员，阿沛·阿旺晋美为副主任委员兼秘书长。拉萨藏医院成立。
