商业秘密基本上有两类。一类，商业秘密可能涉及不符合专利性要求的发明或制造方法，因而只能够作为商业秘密进行保护。这可能是客户名单，或发明高度不够从而不能被授予专利权的制造方法（虽然它们有可能作为实用新型获得保护）。另一类，商业秘密可能涉及符合专利性要求且可以通过专利进行保护的发明。在后者情况下，中小企业将面临一种选择：申请发明专利，或保持其作为一种商业秘密。
商业秘密保护具有不受时间限制的好处（专利一般可达20年）。因而，只要商业秘密不向公众泄露，其保护就可无限期地继续。
然而，也存在着一些把机密商业信息作为商业秘密进行保护的不利之处，尤其是当该信息符合专利性的规定时：
如果该秘密包含在一种创新产品中，其他人可能能够查出它，对它进行解剖和分析（即对它实施“反向工程”），并发现该秘密，从而有权使用它。事实上，商业秘密保护并不具有排除第三方对该商业秘密进行商业使用的排他权。
商业秘密的实施比专利要困难得多。赋予商业秘密的保护水平随国家不同变化较大，但通常认为保护水平较弱，尤其是与专利授予的保护相比。
