按照《企业所得税法》和《企业所得税法实施条例》规定，企业从事农林牧渔服务项目，其项目所得免征企业所得税。根据有关规定，企业从事上述项目免征企业所得税时应到税务机关备案，只有备案后才能享受项目所得免征企业所得税的优惠。现实中，部分企业在申报时存在如下问题。
一是年度申报时只就会计利润进行申报，不进行企业所得税的纳税调整，认为减免税项目所得就是会计利润。
二是年度申报时根据自查情况进行纳税调增调减，但在年度申报时只就纳税调减额作为减免税项目所得进行抵减。
三是年度申报时依据账面利润，根据自查的情况，对会计利润进行调增调减，将该结果作为减免税项目所得的抵减金额。
在上述3种做法中，第一种和第二种都是不正确的。第一种观点认为从事农林牧渔项目是免税的，自查是多余的，调增调减的结果也是免征企业所得税。第二种方式下，虽然进行了会计做账和纳税调整，但明显存在避税的嫌疑，也是不对的。第三种处理方法符合会计制度和企业所得税法的要求，企业所得税年度申报完整准确的，税务机关是认可的。
对于第一种、第二种情况，企业年度申报后，税务机关将进行企业所得税备案检查，对其检查的纳税调增调减后的金额将进行补税、加收滞纳金和罚款处理。所以，从事农林牧渔项目的企业应消除错误观念，认识到免税是有条件的
