通过育种，一方面使公司在种猪扩繁、商品猪饲养环节获得生产性能更优、更经济的生猪品系，降低了商品猪的饲养成本；另一方面使公司商品代猪的肉质更香嫩，市场认可度高，获得一定溢价。公司在种猪养殖方面有多年的经验，原种猪和二元猪的养殖效益同样达到较高水平，种猪的成本低于行业平均，单头商品猪所摊销的种猪成本也更低。
市场导向：公司始终坚持以鲜肉消费的终端市场需要为育种方向，以持续改善生猪的肉质、瘦肉率、生产速度、饲料报酬率、屠宰率、适应性和产仔数等7项性能为主要育种目标；应用现代数量遗传学原理，采取个体、家系、后裔综合性能测定技术，实行开放式核心群选育方法，实施配合力测定试验，确立不同品种或品系的位置分工，构建育种体系。
专业团队：公司设有专业育种团队，扎扎实实做好种猪性能测定、血统档案记录、耳环标识、BLUP法遗传评估、GPS择优交配等一系列育种工作，年测定种猪规模达2-3万头次。对进入核心种猪群（曾祖代）的母猪执行严格的选留标准，以确保公司核心种猪群优良基因库性能的保持和提升。
先进设备：公司拥有种猪ALOKA测定仪（活体肌间脂肪测定仪）、BLUP遗传性能评估软件、GPS种猪选配管理软件等国内外领先的育种设备，其中ALOKA检查仪，可实现活体检测生猪肌间脂肪含量（判断肉质香嫩的指标）和眼肌面积（主要用于测定瘦肉率），从而避免了种猪需屠宰后才能测定肌间脂肪含量和瘦肉率的难题，提高了公司种猪选育的效率。
种猪投资：公司投资4000余万元，在世界生物保护圈宝天曼南麓适宜养殖区建成了当时国内最大的原种猪场之一。2005年9月15日，从加拿大引进原种猪470头，其后代经测定具有生长速度快、饲料转化率高、背膘薄、产仔多等特点；并常年维持多种疾病纯阴性。截至2013年6月30日，牧原食品曾祖代核心种猪群规模达8,175头，是我国最大的生猪育种企业之一。
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