一、与公司以营利为目的，合作社是一种互助性的经济组织。合作社是在农村家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者、自愿联合、民主管理的互助性经济组织。其目的在于通过为成员提供购销、加工、运输、储藏、技术、信息等方面的服务，使成员联合进入市场，形成聚合的规模经济，以节省交易费用、增强市场竞争力、提高经济效率、增加成员收入。因此，合作社的主要目的在于为成员提供服务，尽管在提供服务过程中合作社也可能会有盈利。当然，作为重要的市场主体之一，合作社对外也展开经营，也需要营利，但这并非是其主要目的，并且对外经营和营利服从于为成员提供服务。
第二成员制度不高。尽管股东加入公司、成员加入合作社都是一种自愿的行为，但是，合作社的所有者与使用者具有同一性，即，成员加入合作社是为了利用组织提供服务；而公司制度下的所有者和使用者是分离的，股东并不是需要利用公司的服务。如农业生产资料购买合作社的社员，是那些想从通过合作社购买到优质、廉价的农资的农户；而农资经销公司的股东是那些要经销农资的人，他们自身并不想使用农资。再如农产品销售合作社的所有者主体，是那些提供农产品的农户，而农产品销售公司的股东并不一定是自我提供农产品。
第三，办合作社的门槛比办公司要低。《农民专业合作社法》对于合作社的出资问题有非常宽松的规定，农民入合作社可以出资也可不出资。但是公司则有最低注册资本的要求。
