两种途径的主要区别是发生联系的方式、提交的书件和文件递交方式不同。在发生联系的方式方面，直接到商标局办理的，在办理过程中申请人与商标局直接发生联系；
委托商标代理机构办理的，在办理过程中申请人通过商标代理机构与商标局发生联系，而不直接与商标局发生联系。
在提交的书件方面，直接到商标局办理的，申请人除应提交的其他书件外，应提交经办人本人的身份证复印件；委托商标代理机构办理的，申请人除应提交的其他书件外，应提交委托商标代理机构办理商标注册事宜的授权委托书。
在文件递交方式方面，申请人自行办理的，由申请人或经办人直接将申请文件递交到商标注册大厅受理窗口；代理机构可以将申请文件直接递交、邮寄递交或通过快递企业递交商标局，也可以通过网上申请系统提交商标注册申请。
外国人或者外国企业在中国申请商标注册和办理其他商标事宜的，应当委托依法设立的商标代理机构办理。但在中国有经常居所或者营业所的外国人或外国企业，可以自行办理。
