明初中枢职官沿袭元制。洪武十三年（公元1380年）废中书省，并规定不再设丞相，由皇帝亲理国政。但由于政务繁忙，便由翰林院官员加殿阁大学士衔草拟诏谕。成祖时，命翰林院编修、检讨等人值文阁，参预机务，处理六部政务，称为内阁。仁宗以后，内阁权位渐高，人阁大学士们也多是元老旧臣，号称辅臣。
而首席大学士则称元辅或首辅，主持内阁大政，成为事实上的宰相，俗称阁老。大学士兼六部尚书者被尊称为阁部。明代，以大学士为首领的内阁仍带有皇帝私人秘书的性质，其主要权力是票拟，即根据皇帝旨意草拟诏令，经皇帝批准后再交六部办理。
但自明代中后期以后，宦官开始专政，宦官机构司礼监的秉笔太监也可草拟诏令，并代皇帝用朱笔批示奏章，称为批红。此后，内阁辅臣们又往往要听命于司礼监秉笔太监，宰相的实权实际上又操于太监之手。
清代中枢职官仿明朝，也实行内阁制。清人关前的内三院（内国史院、内秘书院、内弘文院）已设大学士、学士等，并参预机要。顺治十五年（公元1658年）改内三院为内阁，设大学士，加殿阁衔，参预军国大事。而各部奏章及皇帝诏令的下达，皆要经由内阁。至雍正时，大学土的官位已提升到正一品，为文臣的最高职衔。但自雍正间军机处成立后，内阁的许多职权却被军机处所取代。
军机处正式成立于雍正十年（公元1732年），原是为西北用兵而设，后遂扩大为参预全部军国大政，并一直保留下来。军机处设军机大臣，称为军机处行走、军机大臣上行走，资历浅者称军机大臣上学习行走，多由特选的大学士、尚书、侍郎等官充任。
其下设章京，俗称小军机，具体负责文书处理及拟旨等工作。军机处虽不是正式官署，但日夜有人值班，皇帝的命令也可由军机处而直接下达到各地督抚，称为廷寄。这样，军机处已成为处理全国军政大事的常设核心机构，内阁反倒被冷落了。而自此以后，大学士不兼军机大臣，也不再被视为宰相。
明清两朝的中枢职官，总起来说，是以内阁制为主，即使是清雍正以后所设的军机处，其军机大臣不少也由大学士充任。而在行政机构方面，明清两朝所实行的却仍是六部制，虽然其具体的机构已有所增减。
明代以六部尚书、都察院都御史、通政使司和大理寺卿为九卿。六部直接向皇帝负责，六部长官的地位和品级都有明显提高。通政使司设于洪武十年（公元1377年），其长官为通政使，是一个下情上达的机构。因为通政使可以直接向皇帝呈报，故其地位很重要。明代大理寺主要负责对重大案件的复核，遇有重大案件往往要由大理寺、刑部，都察院共同审理，称为三司会审，俗称三堂会审。
清代中央行政部门的设置基本同于明朝，除六部外，仍有五寺、三监等。五寺即大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。唐代九寺中的其余四寺，宗正寺明清已改称宗人府，长官为宗人令，位在六部尚书之上。司农寺、太府寺并人户部，卫尉寺不设。二监即国子监和钦天监。
其中钦天监为明清新设，掌天文历法，以监正、监副为其长官。明清还继金而设置太医院，掌皇帝及后妃医药，其长官称院使。清代还新设理藩院，专管蒙古、西藏、新疆等地的少数民族事务，以尚书、侍郎为正副长官。清代对六部、都察院、通政使司、大理寺也有大九卿之称，即所谓六部都通大。清末改官制，于宣统三年（公元1911年）四月宣布成立责任内阁，下设外务、民政、度支、学务、陆军、海军、司法、农工商、邮政、理藩等十部，每部长官都称为国务大臣，其首领为总理大臣（1人）和协理大臣（1～2人）。
明清的最高监察机关都是都察院，并以左、右都御史和左、右副都御史为其正副长官。只是清代自乾隆十三年以后，右都御史和右副都御史已不设，例为总督和巡抚兼衔。都察院掌管内外监察，纠举不法，并依当时的行省，划分全国为若干道监察区，设监察御史以监察各地。
明代按十三行省分全国为十三道，置监察御史110人，并开始建立御史出巡地方制度，称为巡按御史，俗称八府巡按。有时地方上发生重大纠纷难以排解，则派带都御史衔的都察院官员去处理，这些官员往往可兼管一省或数省大权。
其中兼管一省行政、民政者称巡抚，兼管数省军、政、财权者为总督。他们都隶属于都察院。此外，明代的监察机构还有六科给事中，专门负责稽查六部及其他中央机构的官员。清代都察院设十五道监察御史，其中以河南、江南、浙江、山东、山西、陕西六道为掌印道，其余各道皆附于六道之中。光绪三十二年，随着行省的加多，监察区又增至二十道。
此外，清代都察院还设有宗室御史处，掌稽查宗人府事务；设稽查内务府御史处，掌稽査内务府事务；设五城察院，分派御史巡城，掌京师中、东、西、南、北五城的地方治安。明代的六科给事中到清代也并人都察院，其职掌是稽查在京各衙门的公事。
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